開拓生技產業版圖 昇陽電腦與成大攜手合作 二十三日簽訂生物寶典（BioBox）合作計畫 提供成大最先進的高速運算技術及軟
採訪記者 : j 於 December 23, 2004 at 10:51:51 :
新聞內容 :
【台南訊】開拓生技產業版圖，昇陽電腦與國立成功大學再度攜手合作。繼前年合作成立「生物科技卓越中心」之後，雙方又於昨（二十三）日簽訂「生物寶典（BioBox）」合作計畫，昇陽電腦慨然提供成大從事生物資訊研究所需的高速運算技術及設備，包括最先進的「網格運算」（Grid Computing）、BioJava及Portal Server，並將二十八種生物資訊常用的軟體製作成套裝軟體免費提供成大使用，此外，更結合昇陽電腦在全球各地的生物資訊學術機構與社群資源，挹注成大從事生物科技的研究。以成大雄厚的研發實力，再加上在軟體應用技術位居世界領導品牌的昇陽電腦提供最具優勢的硬、軟體及技術，可真是如虎添翼，勢必為未來生技產業的研發形成激化及加速的作用。
在「網格運算」軟硬體技術居世界領先地位的昇陽電腦，對於學界的支援向來是不遺餘力。為了協助成大「生物科技卓越中心」擁有更好的生物資訊環境，再次選擇與擁有南部研究BioJava最具實力的成大資訊工程系蔣榮先教授及所率領的研發團隊合作，顯示對蔣榮先教授的研發實力情有獨鍾；在今（二○○四）年七月，成大資訊工程系蔣榮先教授選定研究生赴新加坡南洋科技大學之APSTC(Asia-Pacific Science and Technology Center)學習生物寶典（BioBox），並將昇陽電腦在生物資訊的經驗帶回台灣，隨即在十二月二日發表昇陽電腦生物寶典（BioBox）的系統功能，廣受各界肯定與好評。
成大「生物科技卓越中心」負責人蔣榮先教授指出，過去成大雖已將高效能運算技術導入生物資訊，但仍有許多常用的生物資訊軟體必須倚靠外界的資源，往往因為傳輸大量檔案產生斷線或是檔案不完整而前功盡棄，造成非常多的困擾，亟需生物資訊軟體的整合與協助，以及資訊人員的培訓，昇陽電腦適時伸出援手，對於成大未來從事生技產業之研發助益匪淺。
為協助學界解決上述問題，昇陽電腦在今年初推出生物寶典（BioBox）計畫，其中包含了許多現代資訊的技術，如最先進的「網格運算」（Grid Computing）、BioJava及Portal Server，並將二十八種生物資訊常用的軟體製作成套裝軟體，使得使用生物資訊的研究人員能夠更方便地安裝和運用此先進技術。蔣榮先教授表示，「網格運算」是生物寶典（BioBox）計畫最重要的技術，其主要概念為結合分散的電腦運算資源、儲存裝置以及其他各類型資訊系統，構成虛擬的整合應用環境，以應付需要巨量資料運算的生技研究，譬如:基因排列。
蔣榮先教授進一步指出，成大在生物資訊中心建立的生物資訊平台，目前已有全世界數十個生醫研究團隊下載使用，未來希望能提供Sun在其他國家的生物資訊中心作為共享生醫資料分析之工具，並分享交流生物資訊研究成果。
昇陽電腦總經理梁達光則表示，成大在醫學、資訊科技與工程等領域都有傑出的表現，昇陽電腦很高興能與成大建立合作夥伴關係，尤其是提供台灣教育界與國際交流的管道，未來昇陽電腦將持續進行相關工具與技術的研發，提升台灣生物科技核心研究發展的競爭力，與全球生物技術接軌及競爭。
成大自二○○二年十二月與昇陽電腦簽定成立「生物科技卓越中心」以來，已經將高效能運算技術導入生物資訊，不僅改善原先的效能問題，並因為加入昇陽電腦全球性的卓越中心社群，更可以藉此與國際性的生物科技學術單位交流。成大「生物科技卓越中心」成立目的是為採用dry-lab(在電腦實驗室從事研究)與wet-lab(在生技實驗室從事研究)方式進行的特定基因辨識與序列註解建立客製化的多功能生物資訊基礎建設，透過高速電腦的運算，進行大量資料分析，作為新藥物研發、分子研究與基因分析之用。例如，針對特殊疾病，如膀胱癌與南台灣特有的烏腳病，該中心都將積極進行基因研究與資料分析，找出疾病預防的方法。
此外，成大「生物科技卓越中心」建立的整合生物資訊平台將成為篩選特定指標基因的模型 (model)，可整合至國內的生物醫療研究。「生物科技卓越中心」的硬體建置採用Sun Blade 2000工作站、Sun StorEdge T3儲存系統，與Sun Fire 6800伺服主機，搭配該架構的軟體為Solaris Operating Environment。Sun與成大將共同為該中心開發生物資訊研究所必須的軟體工具。目前研究中心的人力擁有有八位教授及超過二十名的博、碩士班研究生。931223j
成大生物科技卓越中心研究成果
人類基因體圖譜在2000年定序完成以後，開始進入了後基因體時代，對於基因產物在細胞內的作用之研究，亦隨之如火如荼地展開。然而大部份的實驗結果是以文件的型式儲存，而無法讓電腦以知識的型式直接存取，卻也耗費了研究人員相當多的時間跟成本。因此，為了促進功能生物資訊學的進展，如何有效率地處理大量的生物醫學文件，並將其中萃取出之知識轉換成結構化的形式，以為生物學家和醫學研究者所用，乃為當前之要務。
由蔣榮先教授所率領的成大生物科技卓越中心研發團隊，自行開發一套先進的文件探勘系統，有效率地從生醫文獻中萃取出基因功能的知識，並發表二篇探討基因功能探索之論文在生物資訊學上最頂尖的期刊Bioinformatics; 自2003年7月置放於網際網路供公眾使用迄今，已有全世界數十個生醫研究團隊下載使用，成績亮眼。
該系統的輸出步驟，可由醫學文獻網站PubMed下載文件摘要，並利用基因資料庫LocusLink的基因名稱作為基因語彙典，以及使用Gene Ontology描述基因產物的功能，經由資訊萃取的程序之後，進而達到基因功能的知識表達。
另外，該系統先對文件中出現的基因名稱和功能名稱建立索引，進而擷取出基因和功能名稱同時出現的句子。利用分類器將這些句子區分為是否描述基因功能兩類，即可將資訊萃取的問題轉換為句子分類的問題。分類器據以分類的特徵為句子中基因和功能名稱的上下文，可以分為前、中、後三段。在訓練分類器的部份，我們修改用於基因序列比對的動態規劃法，將做為訓練樣本的句子兩兩比對，以找出可以做為分類器特徵的上下文片語。
在解開人類的基因序列以後，最重要的是去了解這些基因的功能。本系統期能幫助生物學家和醫學研究者，有效率地篩選大量的文件，快速得知感興趣的基因之功能，以加速基因體學之研究。
昇陽電腦公司（Sun Microsystems, Inc.）
自1982公司創始之初，The Network Is The Computer這個獨特的願景，就不斷驅使Sun成為供應商的領導品牌，提供具有業界優勢的硬體、軟體及服務，以使網路運作。Sun遍佈全球100多個國家，並可透過http://www.Sun.com的網站，查詢關於Sun的資料。
昇陽電腦股份有限公司在台成立於1988年，初期以美國Sun台灣分公司營運，自一九九七年四月正式成立"昇陽電腦股份有限公司"，以本土企業之名深耕台灣資訊產業。從售前業務行銷策略的顧問規劃與擬定、到整體系統售後的建置，並結合各行業的專業諮詢顧問組成完整支援組織架構。針對開放式網路運算的理想環境，Sun從企業伺服主機(Enterprise Server)、網路儲存(Network Storage)、Java/Jini科技、Solaris作業系統、微處理器(UltraSPARC)、Sun Java軟體系統(Sun Java Software Systems)等完整產品線，提供中小型及至跨國企業整體解決方案。
昇陽電腦在教育市場的成就
過去數年來，昇陽電腦已多次與國內教育界合作，包括東海大學的Java Center、中央大學的E-Commerce/ ERP Center、高速電腦中心的Scientific Technology Center、國家衛生研究院的Life Science & Computation Biology Center、中央大學及師範大學的K-12 & Education Portal Resources Center、交大TCF中心、聯合大學的Java Center等，均已成為各項研究領域的翹楚。此外，為響應台灣國家矽導計畫，昇陽還與東海大學成立中部「生物科技研究中心」，以及與交通大學、成功大學共同建置的南、北兩座昇陽電腦高速運算中心 (Sun TCF, Sun Technical Computing Farm )，作為打造台灣成為全球矽產業資源中心的示範，更被視為是國內產官學合作的良好模式。其他如逢甲大學、陽明醫學大學、靜宜大學、南台科技大學等，也在昇陽電腦的協助下，分別建置先進的研究中心與學術研究環境。
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【台南訊】開拓生技產業版圖，昇陽電腦與國立成功大學再度攜手合作。繼前年合作成立「生物科技卓越中心」之後，雙方又於昨（二十三）日簽訂「生物寶典（BioBox）」合作計畫，昇陽電腦慨然提供成大從事生物資訊研究所需的高速運算技術及設備，包括最先進的「網格運算」（Grid Computing）、BioJava及Portal Server，並將二十八種生物資訊常用的軟體製作成套裝軟體免費提供成大使用，此外，更結合昇陽電腦在全球各地的生物資訊學術機構與社群資源，挹注成大從事生物科技的研究。以成大雄厚的研發實力，再加上在軟體應用技術位居世界領導品牌的昇陽電腦提供最具優勢的硬、軟體及技術，可真是如虎添翼，勢必為未來生技產業的研發形成激化及加速的作用。
在「網格運算」軟硬體技術居世界領先地位的昇陽電腦，對於學界的支援向來是不遺餘力。為了協助成大「生物科技卓越中心」擁有更好的生物資訊環境，再次選擇與擁有南部研究BioJava最具實力的成大資訊工程系蔣榮先教授及所率領的研發團隊合作，顯示對蔣榮先教授的研發實力情有獨鍾；在今（二○○四）年七月，成大資訊工程系蔣榮先教授選定研究生赴新加坡南洋科技大學之APSTC(Asia-Pacific Science and Technology Center)學習生物寶典（BioBox），並將昇陽電腦在生物資訊的經驗帶回台灣，隨即在十二月二日發表昇陽電腦生物寶典（BioBox）的系統功能，廣受各界肯定與好評。
成大「生物科技卓越中心」負責人蔣榮先教授指出，過去成大雖已將高效能運算技術導入生物資訊，但仍有許多常用的生物資訊軟體必須倚靠外界的資源，往往因為傳輸大量檔案產生斷線或是檔案不完整而前功盡棄，造成非常多的困擾，亟需生物資訊軟體的整合與協助，以及資訊人員的培訓，昇陽電腦適時伸出援手，對於成大未來從事生技產業之研發助益匪淺。
為協助學界解決上述問題，昇陽電腦在今年初推出生物寶典（BioBox）計畫，其中包含了許多現代資訊的技術，如最先進的「網格運算」（Grid Computing）、BioJava及Portal Server，並將二十八種生物資訊常用的軟體製作成套裝軟體，使得使用生物資訊的研究人員能夠更方便地安裝和運用此先進技術。蔣榮先教授表示，「網格運算」是生物寶典（BioBox）計畫最重要的技術，其主要概念為結合分散的電腦運算資源、儲存裝置以及其他各類型資訊系統，構成虛擬的整合應用環境，以應付需要巨量資料運算的生技研究，譬如:基因排列。
蔣榮先教授進一步指出，成大在生物資訊中心建立的生物資訊平台，目前已有全世界數十個生醫研究團隊下載使用，未來希望能提供Sun在其他國家的生物資訊中心作為共享生醫資料分析之工具，並分享交流生物資訊研究成果。
昇陽電腦總經理梁達光則表示，成大在醫學、資訊科技與工程等領域都有傑出的表現，昇陽電腦很高興能與成大建立合作夥伴關係，尤其是提供台灣教育界與國際交流的管道，未來昇陽電腦將持續進行相關工具與技術的研發，提升台灣生物科技核心研究發展的競爭力，與全球生物技術接軌及競爭。
成大自二○○二年十二月與昇陽電腦簽定成立「生物科技卓越中心」以來，已經將高效能運算技術導入生物資訊，不僅改善原先的效能問題，並因為加入昇陽電腦全球性的卓越中心社群，更可以藉此與國際性的生物科技學術單位交流。成大「生物科技卓越中心」成立目的是為採用dry-lab(在電腦實驗室從事研究)與wet-lab(在生技實驗室從事研究)方式進行的特定基因辨識與序列註解建立客製化的多功能生物資訊基礎建設，透過高速電腦的運算，進行大量資料分析，作為新藥物研發、分子研究與基因分析之用。例如，針對特殊疾病，如膀胱癌與南台灣特有的烏腳病，該中心都將積極進行基因研究與資料分析，找出疾病預防的方法。
此外，成大「生物科技卓越中心」建立的整合生物資訊平台將成為篩選特定指標基因的模型 (model)，可整合至國內的生物醫療研究。「生物科技卓越中心」的硬體建置採用Sun Blade 2000工作站、Sun StorEdge T3儲存系統，與Sun Fire 6800伺服主機，搭配該架構的軟體為Solaris Operating Environment。Sun與成大將共同為該中心開發生物資訊研究所必須的軟體工具。目前研究中心的人力擁有有八位教授及超過二十名的博、碩士班研究生。931223j
成大生物科技卓越中心研究成果
人類基因體圖譜在2000年定序完成以後，開始進入了後基因體時代，對於基因產物在細胞內的作用之研究，亦隨之如火如荼地展開。然而大部份的實驗結果是以文件的型式儲存，而無法讓電腦以知識的型式直接存取，卻也耗費了研究人員相當多的時間跟成本。因此，為了促進功能生物資訊學的進展，如何有效率地處理大量的生物醫學文件，並將其中萃取出之知識轉換成結構化的形式，以為生物學家和醫學研究者所用，乃為當前之要務。
由蔣榮先教授所率領的成大生物科技卓越中心研發團隊，自行開發一套先進的文件探勘系統，有效率地從生醫文獻中萃取出基因功能的知識，並發表二篇探討基因功能探索之論文在生物資訊學上最頂尖的期刊Bioinformatics; 自2003年7月置放於網際網路供公眾使用迄今，已有全世界數十個生醫研究團隊下載使用，成績亮眼。
該系統的輸出步驟，可由醫學文獻網站PubMed下載文件摘要，並利用基因資料庫LocusLink的基因名稱作為基因語彙典，以及使用Gene Ontology描述基因產物的功能，經由資訊萃取的程序之後，進而達到基因功能的知識表達。
另外，該系統先對文件中出現的基因名稱和功能名稱建立索引，進而擷取出基因和功能名稱同時出現的句子。利用分類器將這些句子區分為是否描述基因功能兩類，即可將資訊萃取的問題轉換為句子分類的問題。分類器據以分類的特徵為句子中基因和功能名稱的上下文，可以分為前、中、後三段。在訓練分類器的部份，我們修改用於基因序列比對的動態規劃法，將做為訓練樣本的句子兩兩比對，以找出可以做為分類器特徵的上下文片語。
在解開人類的基因序列以後，最重要的是去了解這些基因的功能。本系統期能幫助生物學家和醫學研究者，有效率地篩選大量的文件，快速得知感興趣的基因之功能，以加速基因體學之研究。
昇陽電腦公司（Sun Microsystems, Inc.）
自1982公司創始之初，The Network Is The Computer這個獨特的願景，就不斷驅使Sun成為供應商的領導品牌，提供具有業界優勢的硬體、軟體及服務，以使網路運作。Sun遍佈全球100多個國家，並可透過http://www.Sun.com的網站，查詢關於Sun的資料。
昇陽電腦股份有限公司在台成立於1988年，初期以美國Sun台灣分公司營運，自一九九七年四月正式成立"昇陽電腦股份有限公司"，以本土企業之名深耕台灣資訊產業。從售前業務行銷策略的顧問規劃與擬定、到整體系統售後的建置，並結合各行業的專業諮詢顧問組成完整支援組織架構。針對開放式網路運算的理想環境，Sun從企業伺服主機(Enterprise Server)、網路儲存(Network Storage)、Java/Jini科技、Solaris作業系統、微處理器(UltraSPARC)、Sun Java軟體系統(Sun Java Software Systems)等完整產品線，提供中小型及至跨國企業整體解決方案。
昇陽電腦在教育市場的成就
過去數年來，昇陽電腦已多次與國內教育界合作，包括東海大學的Java Center、中央大學的E-Commerce/ ERP Center、高速電腦中心的Scientific Technology Center、國家衛生研究院的Life Science & Computation Biology Center、中央大學及師範大學的K-12 & Education Portal Resources Center、交大TCF中心、聯合大學的Java Center等，均已成為各項研究領域的翹楚。此外，為響應台灣國家矽導計畫，昇陽還與東海大學成立中部「生物科技研究中心」，以及與交通大學、成功大學共同建置的南、北兩座昇陽電腦高速運算中心 (Sun TCF, Sun Technical Computing Farm )，作為打造台灣成為全球矽產業資源中心的示範，更被視為是國內產官學合作的良好模式。其他如逢甲大學、陽明醫學大學、靜宜大學、南台科技大學等，也在昇陽電腦的協助下，分別建置先進的研究中心與學術研究環境。
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